Берем гугл, он отправляет нас на вики, где написано следующее
Socket.IO — JavaScript-библиотека для веб-приложений и обмена данными в реальном времени. Состоит из двух частей: клиентской, которая запускается в браузере и серверной для node.js. Оба компонента имеют похожее API. Подобно node.js, Socket.IO событийно-ориентированная.
Socket.IO главным образом использует протокол WebSocket, но если нужно, использует другие методы, например Adobe Flash сокеты, JSONP запросы или AJAX запросы[2], предоставляя тот же самый интерфейс. Помимо того, что Socket.IO может быть использована, как оболочка для WebSocket, она содержит много других функций, включая вещание на несколько сокетов, хранение данных, связанных с каждым клиентом, и асинхронный ввод/вывод
Может быть установлена через npm (node package manager)
А что такое "прямо внутрь работающего сервера"?
Приложение на node.js это процесс, который может слушать сетевые соединения, если это ему нужно.
Может слушать http и websocket, может не слушать. Можно в другом приложении организовать обмен через сокеты, можно в этом же. Как вам будет угодно.