Вообще-то даже с HTTPS получить HTTP_REFERER вполне можно (если речь идет не о перехвате чужого траффика, а о своем собственном сайте). Другой вопрос, что Яндекс некоторое время назад стал шифровать текст запросов и делать его доступным только через Метрику (но последнее с https не связано). Но сам факт того, что пользователь пришел из Яндекса, это опредлить не помешает.

Тут есть два варианта. Первый — пользователь заходит через IPv6, а скрипт пытается преобразовать его адрес с помощью ip2long, который корректно понимает только IPv4. Второй — пользователь заходит через proxy, который что-то передает в X-Forwarded-For, что некорректно преобразовывается в IP-адрес (например, передает не IP, а доменное имя).
Чтобы этого не было, нужно сохранять IP не как число, а как строку, причем сохранять туда и $_SERVER['REMOTE_ADDR'], и $_SERVER['HTTP_X_FORWARDED_FOR'] (тогда как многие скрипты при наличии второго REMOTE_ADDR просто отбрасывают).

А зачем такое делать на NoSQL? Тут реляционные базы вполне подходят.
Я бы вообще ограничился тремя таблицами:
1) сайт
2) товар вообще (по сути, там хранится только его id и наименование)
3) товар на конкретном сайте (тут хранится id товара, id сайта, цена, дата парсинга).

Скорее всего, неправильно стоят права на файл с ключом. Они должны быть равны 600 (а на каталог .ssh желательно поставить 700), т.е. файл больше никому, кроме владельца не доступен (по умолчанию при создании файла обычно ставится 640), владельцем файла должен быть пользователь, под которым происходит подключение.