Начну с конца - для индексов это критично разные вещи. Планировщик даже пытаться анализировать не станет, эквивалентные это условия или нет. Если у вас есть индекс по my_column -> 'a', а в запросе вы написали "my_column"['b'] - то этот индекс использоваться не будет.
Касательно самих двух операторов:
-> ровесник jsonb как такового
jsonb[element] -
jsonb subscripting на языке документации - штука недавняя, лишь только прошлогодняя из pg14. Пока что нужно иметь в виду если вам может потребоваться более старая версия базы.
По поведению отличий вроде не должно быть никаких. Оба варианта возвращают jsonb, поэтому IRL куда чаще используется ->> возвращающий текст.
На уровне реализации оба приходят к одному и тому же getKeyJsonValueFromContainer. Вы скорее упрётесь в производительность разбора формата самого jsonb, чем заметите какую-то разницу в производительности родного оператора от type subscripting.