Wol_fi

Это боты шарятся, не обращайте внимания.

навскидку, может конфиги разные у серверного и cli php, и в cli short_open_tags или ещё чего-то такое выключено?

Мне кажется, тут дело не в том, где лежат скрипты, а дело в том, что они километровые (привет твиттеру пару лет назад). Всё-таки 639.5KiB это много, особенно для телефонов\планшетов и мобильного интернета. Возможно часть из них можно подключать по требованию, а не на все страницы. Часть из них вызывать скриптами (тот же jQuery.getScript юзать, например).

есть, register_activation_hook

<div data-toggle="modal" data-target="#myModal">
          <?php the_post_thumbnail(array(100,100));  ?>
          <?php the_title(); ?>
        </div>

Вот тут вы указываете, что data-target, то есть целевой попап для показа - это попап с id="myModal".
А вот тут вы выводите внутри цикла бог знает сколько элементов с id="myModal"

<div class="modal fade" id="myModal" tabindex="-1" role="dialog" aria-labelledby="myModalLabel" aria-hidden="true">
  <div class="modal-dialog">
    <div class="modal-content">
      <div class="modal-header">
        <button type="button" class="close" data-dismiss="modal" aria-hidden="true">&times;</button>
        <h4 class="modal-title" id="myModalLabel"><?php the_title(); ?></h4>
      </div>
      <div class="modal-body">
        <div class="container-fluid">
        	<div class="row">
        		<?php the_content(); ?>
        	</div>
        </div>
      </div>
    </div>
  </div>
</div>

Учитывая что параметр id должен быть уникальным на страницу, то оно вообще работать не должно. А так видать, у вас скрипт находит последний в списке попап с заданным айди и отображает его.
Генерируйте уникальный айди для каждого поста, например так:

<div data-toggle="modal" data-target="#myModal<?php the_ID(); ?>">
................................
<div class="modal fade" id="myModal<?php the_ID(); ?>" tabindex="-1" role="dialog" aria-labelledby="myModalLabel" aria-hidden="true">