Мне еще помогло добавить на сервере openvpn
echo 1 > /proc/sys/net/ipv4/conf/tap1/proxy_arp
tap1 в зависимости от названия dev
+ вот интересная инструкция
Может swap-ится?
увеличь в /etc/sysctl.conf
vm.swappiness = 10
чтобы свопалась только если памяти занято 90%
Ну и диск проверь, может пишет что-то куда то..