Деньги на карту неофициально получать именно нельзя - запрещено законом, ответственность вплоть до уголовной и для вас, и для должностного лица работодателя/заказчика.
Что для вас, что для работодателя в случае официальных отношений основной интерес один - в случае ИП на УСН по доходам разница (которая уйдёт государству), между тем, что потратит работодатель и тем, что вы получите на руки, минимальна (6%) по сравнению с трудовыми отношениями (до 40+%).
Но имейте ввиду, что если налоговая сочтёт что за договором подряда или подобным на самом деле скрываются трудовые отношения (пускай и удаленные) и суд с ней согласится, то разница в последствиях с неофициальной работой будет минимальна. Ходорковский это знает :) Серая схема.
В общем, если это реально работа (прежде всего основное отличие - зарплата не привязана к результату и платится два раза в месяц), то лучше устраиваться на работу, но будьте готовы к тому, что на руки будете получать процентов на 40% меньше, чем через ИП или официально, если не можете диктовать свои условия.