Виртуалка отдельно на отдельном СДД, файловое хранилище - тоже отдельно. Все остальные ССД использовать для кэширования. Если RAM достаточно - то её тоже можно использовать для кэширования. В качестве хранилища можно использовать как стандартную расшаренную папку, так и более комплексное решение типа FreeNAS (умеет в кэширование RAM-SSD из коробки).
Ну и конечно стандартный набор по оптимизации производительности из документации:
https://docs.nextcloud.com/server/latest/admin_man... 
