В данном случае проще всего будет просто связать оба инстанса друг с другом и использовать второй инстас как резервный. Например через банальную проверку друг друга по сети запросом каким-нибудь. Один инстанс работает, а другой проверяет, что первый инстанс работает верно. Если первый инстанс не отвечает, висит, сломался и т.п. - в работу включается второй и где-нибудь ставит флаг/файл/что угодно и как, что теперь он основной, а первый - резервный будет, когда заработает и отправляет сообщение ответственному.
Чуть более сложный вариант: использовать, например, редис для хранения состояния процесса работы и через него синхронизировать инстансы. Например: первый сервис определил для себя задачу и сообщает об этом второму, что он взял такую-то задачу или такие-то файлы. Соответственно второй сервис эти файлы не трогает. Или, оба инстанса смотрят в каталог, как только что-то обнаруживают - помещают в очередь задач. А при появлении задачи в очереди - оба сервер генерируют случайно число и так выбирают кто из них возьмет следующую задачу из очереди. Т.о. можно, этих инстансов наплодить сколько угодно.
Более правильный вариант: разделить функционально вашу задачу на несколько более простых. А именно: вместо проверки каталога, запустить на том сервере, где находится данный каталог с файлами сервис наблюдения ФС, который использует системные уведомления об изменениях файловой системы. И при наступлении нужных событий - отправляет запрос в очередь на обработку, например в тот же редис, а оттуда запрос забирает один из инстансов и обрабатывает его.
