какая у тебя ошибка выдается, если отвалилось соединение с БД?
а если не хватает ОЗУ?
В логах PHP?
На самой странице, где выполняется код?
У меня такие ошибки никогда не выводились. Я догадывался о них интуитивно. Как раз таки пробуя менять лимиты.
все они написаны в мануале. Но там очень много чего написано, можно случайно упустить какую-либо директиву. И потом долго гадать, почему правильно написанный скрипт не работает.
Но, в конкретном случае сложно угадать, у автора 100 выборок разных пользователей за одну операцию, что он с ними делает сложно сказать, быть может как раз аналитику и ему нужны все 2 млрд на каждый запрос.