Vindicar

Учи язык, что тут скажешь. Точнее, читай про области видимости и время жизни объекта.
У тебя SSHClient - локальная переменная в методе InitSSH(). Она существует, пока метод выполняется, и видна только внутри этого метода. По завершению метода она уничтожается.
Если тебе нужно, чтобы время жизни объекта превышало время выполнения метода, т.е. чтобы объект не уничтожался по его завершении - объект должен лежать в атрибуте класса. Тогда его время жизни будет (как правило) равно времени жизни экземпляра класса (например, формы), а область видимости будет покрывать все методы класса.

Закинуть его в .bashrc пользователя, под которым подключаешься. Я так сделал кастомный MOTD скрипт, который показывает состояние сервера, когда я подключаюсь.

Наверно, файл /tmp/id_rsa.pub остался со времени установки ключа для root, и был создан с правами root. Поэтому пользователь, под которым работает FTP-сервер, его не может открыть для перезаписи. Если файл не нужен, удали его из-под рута, и попробуй еще раз.

Я исхожу из того, что VPS под линуксом.
Потому что когда ты закрываешь соединение, SSH-демон завершает процесс оболочки, который он запустил для его обслуживания (скорее всего это bash), посылая ему сигнал HUP. А твой сервис запущен как дочерний процесс из этой оболочки, и потому тоже получает сигнал HUP. Так как он этот сигнал не обрабатывает, он завершается.

Если тебе нужно запустить процесс сервиса разово, и больше его не трогать, запускай его такой командой:
nohup /путь/до/сервиса --параметры --сервиса &
& позволит оболочке продолжить работу (запустит твою программу "в фоне"), а nohup "проглотит" сигнал HUP и тем самым не даст завершиться твоему сервису, когда ты отключишь сессию SSH. Но если сервис "упадёт", то запускать его придётся снова.

Если для тебя допустимо запускать сервис вручную, и тебе нужно взаимодействие с сервисом через консоль (ну скажем, прочитать что он туда пишет), используй программу screen (может потребоваться её установить). Что это за программа, погугли сам, но вкратце, она позволяет создать сессию оболочки, которая переживёт отключение. Однако опять же, если сервис упал, screen его обратно не поднимет.

Предыдущие варианты сойдут для отладки. А если на постоянку, то тебе нужно запускать сервис как демон, при старте VPS (ну мало ли хостер её перезагрузит), так что разбирайся с автозагрузкой. В зависимости от установленного на VPS дистрибутива это может быть скрипт init.d (смотри скрипты в каталоге /etc/init.d), модуль systemd или что-то ещё. Разбирайся, гугли, по этому материалов в сети полно.

В ssh есть три варианта проброски портов.
-L lport:remote.host:rport задаёт проброску клиентского порта, т.е.
1. клиент SSH слушает порт lport на своей машине. По умолчанию на всех сетевых интерфейсах, но можно указать желаемый адрес, который будет слушаться, так: bind.address:lport:remote.host:rport
2. когда к этому порту кто-то коннектится, клиент сообщает серверу
3. сервер коннектится на remote.host:rport
4. В дальнейшем данные пробрасываются через этот туннель.

-R rport:local.host:lport работает наоборот
1. сервер SSH слушает порт rport на своей стороне. По умолчанию на всех сетевых интерфейсах, но можно указать желаемый адрес, который будет слушаться, так: bind.address:rport:local.host:lport
2. когда к этому порту кто-то коннектится, сервер уведомляет клиента
3. клиент коннектится на local.host:lport
4. В дальнейшем данные пробрасываются через этот туннель

И последний, самый практичный, но самый трудно контролируемый.
-D lport или -D bind.address:lport
1. клиент слушает порт lport на своей стороне
2. когда к этому порту кто-то коннектится, клиент пробрасывает соединение на ssh сервер
3. ssh сервер отвечает по протоколу прокси SOCKS4/SOCKS5, и выполняет дальнейшие соединения в зависимости от желаний подключившегося приложения.
Т.е. чтобы это работало, нужно чтобы приложение умело работать с SOCKS-прокси.

Не помогает - значит нужно отлаживать. Я не вполне понял, где расположена smb-шара - на том же хосте, что и ssh сервер? Или на другом? Также стоит убедиться, что соединение с ssh сервером устанавливается нормально.
Наконец, стоит выделить под такие туннели отдельного пользователя на сервере, и ограничить его в правах на всё, кроме использования туннеля.