Vindicar

Входной файл, который ты грузишь вызовом users = json.load(f) записан не в кодировке utf-8. или переделай его, чтобы был в utf-8, или выясни его кодировку и укажи её при открытии файла.

Во-первых, у тебя уехали циклы, начиная с о второй цифры. Они не внутри общего цикла.
Далее, ты можешь заменить 6 циклов на один, просто по числам от 0 до 999999.

for number in range(0, 1_000_000):
    str_number = f'{number:0>6}' # превращаем число в строку, добивая нулями слева до 6 знаков
    digits = list(map(int, str_number))  # каждый символ строки превращаем в отдельное число, т.е. цифру
    d1, d2, d3, d4, d5, d6 = digits  # распаковываем список цифр в отдельные переменные

Ещё ты можешь перебирать первые 5 цифр, а шестую цифру вычислять - сумма первых трёх минус четвёртая и минус пятая . Если результат в диапазоне 0-9, то это и будет шестая цифра.

Если же ты предпочтёшь перебирать 5 цифр отдельными циклами, то стоит делать иначе.
Первые 3 цифры перебираешь полным циклом, 4я цифра не должна превышать сумму первых 3х, 5я цифра не должна превышать сумму первых 3х - 4ю цифру. 6ю цифру вычислишь.

for d1 in range(10):
    for d2 in range(10):
        for d3 in range(10):
            for d4 in range(min(9, d1+d2+d3) + 1):
                for d5 in range(min(9, d1 + d2 + d3 - d4) + 1):
                    d6 = d1 + d2 + d3 - d4 - d5
                    if 0 <= d6 <= 9:
                        print(f'{d1}{d2}{d3}{d4}{d5}{d6}')

Аналогично, можно заметить, что не всегда имеет смысл перебирать 4-5 цифры с нуля. Пример: если первые три цифры 299, то четвёртая не может быть 0 или 1 - в этом случае оставшиеся две цифры должны будут дать в сумме 20 или 19, что невозможно. С учётом код изменится так:

for d1 in range(10):
    for d2 in range(10):
        for d3 in range(10):
            min_d4 = max(0, d1 + d2 + d3 - 18)
            max_d4 = min(9, d1 + d2 + d3)
            for d4 in range(min_d4, max_d4 + 1):
                min_d5 = max(0, d1 + d2 + d3 - d4 - 9)
                max_d5 = min(9, d1 + d2 + d3 - d4)
                for d5 in range(min_d5, max_d5 + 1):
                    d6 = d1 + d2 + d3 - d4 - d5
                    if 0 <= d6 <= 9:
                        print(f'{d1}{d2}{d3}{d4}{d5}{d6}')

Ну для начала, разность двух datetime даёт объект timedelta.
И в доках написано так:

Only days, seconds and microseconds are stored internally. Arguments are converted to those units:
A millisecond is converted to 1000 microseconds.
A minute is converted to 60 seconds.
An hour is converted to 3600 seconds.
A week is converted to 7 days.

Т.е. timedelta(days=1).seconds даст 0, так как это 1 день и 0 секунд.

Выхода два.
1. Построй объект timedelta, описывающий таймаут операции, и сравнивай с ним напрямую.

timeout = datettime.timedelta(days=1)
if (datetime.datetime.now() - last_command_use_time) > timeout:
    ...

2. Используй метод total_seconds()

timeout = datettime.timedelta(days=1)
if (datetime.datetime.now() - last_command_use_time).total_seconds() > 24*60*60:
    ...

class Interface:
    a = 1
    b = dict()
    c = []

Ты описал класс с тремя атрибутами класса. Не экземпляра, а именно класса.
Три атрибута экземпляра описываются как

class Interface:
    def __init__(self):
        self.a = 1
        self.b = dict()
        self.c = []

А если тебе нужен эквивалент интерфейсов, почитай про typing.Protocol.

А всего-то нужно прочитать документацию. Там этот случай описан, и показано, как делать правильно.

con = sqlite3.connect(":memory:")
cur = con.execute("CREATE TABLE lang(name, first_appeared)")

# This is the named style used with executemany():
data = (
    {"name": "C", "year": 1972},
    {"name": "Fortran", "year": 1957},
    {"name": "Python", "year": 1991},
    {"name": "Go", "year": 2009},
)
cur.executemany("INSERT INTO lang VALUES(:name, :year)", data)

# This is the qmark style used in a SELECT query:
params = (1972,)
cur.execute("SELECT * FROM lang WHERE first_appeared = ?", params)
print(cur.fetchall())

Открой для себя функции zip() и itertools.zip_longest().

Нет. Ты можешь открыть файл на чтение и запись, и затем скакать по файлу с помощью seek(), но это ничуть не быстрее. Меньше дискового пространства требует, вот и вся выгода.
Текстовые файлы вообще плохо поддаются частичному обновлению.
Если тебе такое требуется часто, впору смотреть в сторону простых БД, вроде sqlite. Ей не требуется отдельное серверное ПО, и база данных будет состоять из одного файла. Вполне себе нормальный апгрейд.

Включи логику.
Чтобы прочитать/записать элемент списка, нужно знать его индекс.
Ты знаешь значение минимума/максимума, но не индекс.
Вывод: нужно в цикле поиска обновления не только само значение minimum и maximum, но и в отдельной паре переменных хранить индекс i, где был обнаружен последний минимум/максимум.

Любопытно, что ты уже используешь enumerate() для перечисления списка, но до сих пор не использовал индекс очередного элемента i, который он тебе сообщает.