Vindicar

:0: RuntimeWarning: coroutine 'Application.shutdown' was never awaited
:0: RuntimeWarning: coroutine 'Application.initialize' was never awaited

Ты вызываешь указанные функции как обычные (Application.initialize()), а это корутины. Их так вызывать бесполезно. Если ты их вызываешь внутри другой корутины (async def функции), то можешь исправить вызов на await Application.initialize(). Если же ты пытаешься вызвать их из обычной функции (просто def), то все становится куда сложнее...

Оставаясь внутри одного процесса - никак. Условно, вызов TerminateProcess() пришибёт целевой процесс без шанса на реакцию, как и некоторые другие ситуации. Ты можешь использовать atexit, как указали выше, но работать с сетью внутри него не получится. Работа с сетью вообще долгая штука.
Так что единственный вариант - запускать фоновый процесс-мониторилку, корректно отвязав его от основного процесса (чтобы не завершились вместе). Ну и иметь ввиду, что его тоже можно прибить, так что его надо перезапускать совместно. Тогда прибить оба процесса сразу будет труднее, хотя всё ещё возможно.

Я очень надеюсь, что у тебя асинхронщина занимается получением данных, а multiprocessing - обработкой. В этом случае тебе не корутины по процессам надо раскидывать, а создавать внутри одной корутины синхронные задачи по обработке. А асинхронке оставить вопросы получение исходных данных/отправки результатов. Так куда практичнее. run_in_executor() в помощь.

Средства анализа временных рядов? Необязательно нейронки.
Из нейронок есть рекуррентные сети, к примеру. В любом случае комп зрение тут нужно только чтобы перевести рисунок ЭКГ в величины напряжений, если это ещё не сделано.
Альтернативно - Фурье анализ по каждому каналу ЭКГ, и тренируешь обычную нейронку, подавая ей на вход конкатенацию полученных спектрограмм.

А как насчёт scp -C? Там, правда, gzip-сжатие.

По пунктам:
1. со стандартным input() такое не прокатит, придётся писать свой или искать сторонние либы.
2. Если редактировать надо только последнюю строку: вывод символа \r переведёт курсор в начало строки, а \x08 - на один символ влево. Главное, не забудь предотвратить вывод перевода строки, пока не будешь готов. Редактировать предыдущие строки так нельзя.
3. curses позволяет делать ОЧЕНЬ много, вплоть до отдельных окон в одной консоли, но под виндой из коробки не работает. Вроде был пакет windows_curses, который добавляет поддержку виндового терминала.

Так как ты не показал инициализацию scheduler, то спрошу: scheduler.start() не забыл вовремя вызвать?
Также есть совет увеличить детализацию логов для скедулера.

А какого баклажана ты пишешь несколько команд в одну строку? Не надо так делать.

У тебя в коде полно вызовов third_window.grab_set(), хотя а) никакого третьего окна ты не показал и б) даже в коде, который относится к дургим окнам. Копипаст подвел, или так задумано?

Вызвать CMD где?
На сервере - не вопрос вообще.
На машине клиента - без предустановленного ПО не вариант, и слава богу что так.

# Проверяем, попадает ли день рождения в диапазон
if start_date <= birth_day_month <= end_date:
    birthdays.append((birth_day_month, name, surname))

А с какого перепуга ты в список birthdays добавляешь модифицированную дату birth_day_month вместо оригинальной birth_date?

Чётко следить за тем, сколько у тебя в программе рабочих циклов (event loop). Такое возможно, в первую очередь, в многопоточной программе. Многопоточность+asyncio вообще тема нетривиальная.
В связи с этим вопрос: что такое app=apps["My_loveroud"] и что происходит выше по коду?

Погоди, у тебя параметр id откуда должен браться, и как передаваться?
ЕМНИП, параметры метода-обработчика - это в первую очередь GET-параметры. А у тебя в url для роута параметры не прописаны.
Если ты берёшь id из поля формы, то убери его из параметров, и бери его аналогично text.

Commands filter should be list of strings

@bot.message_handler(commands={'start'})
У тебя commands - не список, а множество (set).

1. Пытается отработать x + y. Вызывается x.__add__(y) (или, что то же самое, Commuter5.__add__(x, y)).
2. Внутри кода __add__() вычисляется выражение self.value + other. Вызывается self.value.__add__(other)(int.__add__(self.value, other), так как self.value содержит целое число).
3. int понятия не имеет, что такое Commuter5 и как с ним складываться. Его __add__() возвращает NotImplemented. Питон понимает, что от int помощи не дождёшься.
4. Поэтому вызывается other.__radd__(self.value).
5. Внутри этого метода вычисляется выражение self.value + x. В данном случае x - это self.value для первого операнда, т.е. число. self.value - тоже число. int знает, как складываться с другим int, и выражение даёт int.
6. Отрабатывает конструктор Commuter5() внутри __radd__(). Создаётся новый экземпляр класса, и возвращается как результат вызова __radd__().
7. Отрабатывает конструктор Commuter5() внутри __add__(). Результат (ещё один экземпляр Commuter5) возвращается наружу.
8. z присваивается результат, возвращённый вызовом __add__().

По-моему, в коде ошибка, так как в результате у нас окажется, что внутри Commuter5() будет ещё один объект Commuter5(), внутри которого уже будет сумма. Ты можешь проверить это достаточно просто:
print(type(z.value))
Если выведет <class Commuter5 ...> - значит, я прав.
Чтобы это исправить, операторы __add__() и __radd__() должны проверять, что получилось в результате суммирования, и не заворачивать результат в Commuter5() еще раз.

@dp.message(CommandStart())  # обработчик события!
async def dejur(message: Message):
    ...

    aioschedule.every().minute.do(dejur)  # планируем вызов функции

Запомни раз и навсегда - никогда не вызывай обработчики событий напрямую.
Если тебе нужно реализовать одну и ту же функциональность и в обработчике, и где-то ещё - вынеси эту функциональность в отдельную подпрограмму, и уже её вызывай и в обработчике, и в других местах.
В твоём случае можно сделать что-то типа такого:

async def send_duty_list(chat: int):
    print(1)
    global n,skipper
    if weekday():
        await bot.send_message(chat, text=f"Дежурные: {spisok[n]}")
        if skipper == True:
            if n!=14:
                n = n+1
            else:
                n=0
            return n
        else:
            skipper = True
            return skipper

@dp.message(CommandStart())
async def dejur(message: Message):
    await send_duty_list(message.chat.id)  # шлём ответ в тот же чат, где была команда


async def scheduler():
    aioschedule.every().minute.do(send_duty_list, chat=1108995102)  # а тут шлём фиксированному юзеру
    while True:
        await aioschedule.run_pending()
        await asyncio.sleep(1)

Кроме того, имей ввиду:

async def on_startup(_):
    asyncio.create_task(scheduler())

У тебя созданный объект задачи может быть собран сброщиком мусора - что, разумеется, прервёт задачу.
Так что сохраняй ссылку на задачу куда-нибудь в глобальную переменную.

scheduler_task = None

async def on_startup(_):
    global scheduler_task
    scheduler_task = asyncio.create_task(scheduler())