Во-первых, Вам нужно договориться об используемых инструментах, о настройках окружения. Отказываться от IDE не советую, т.к. это сильно снизит Вашу производительность. У каждого разработчика должна быть локально настроена среда с БД, Томкатом и прочим. Изменения БД лучше всего доносить через миграции, при помощи
liquibase например.
Для грамотного деплоя можно попробовать пайплайны в GitLab или Bitbucket. Для работы с Git Вам также всем надо договориться. Как разрабатываются фичи? Делать отдельные ветки под каждую задачу? Кто может пушить в master? И т.д.
Обязательно проводите ревью кода друг друга.
VPS для stage и produсtion среды это норм. Опять же надо договориться, кто будет отвечать за настройку и состояние этих VPS.
В общем разработка ПО командой, это не столько написание самого кода, сколько коммуникации в команде.