Vavoro

Можно просто создать копию файла шаблона header.php, назвать ее, например, header2.php.
Изменить этот новый header под свои нужды, потом создать файлик "page-slugвашейстраницы.php" путем создания копии файла шаблона page.php.
В созданном файле вместо get_header(); подинклудить вашу новую шапку - header2.php.
Таким образом вам не придется засорять лишним кодом уже созданные файлы шаблонов, все изменения будут в отдельных файлах.

Видимо script.js грузится раньше чем jquery.js.

Я бы слаг категории в урлах вообще не использовал. Потому что при перемещении из одной категории на сайте в другую придется возиться с 301 редиректом каждый раз. А так меняй сколько влезет категорию - урл статьи не поменяется, проблем меньше.

Сам смысл "переноса" - переписывание кода так, что вместо самописных элементов кода будут использоваться элементы кода фреймворка.
Изменится ли именно HTML-код - зависит от того, о переписывании чего идёт речь. Если переписывают движок сайта, то HTML может и не меняться.
Если переписывают интерфейс, то есть речь о HTML + JavaScript фреймворке, то, очевидно, HTML поменяется.