По сути вопроса:
git config --show-origin core.ignoreCase
Покажет, где установлено. Я во всех репах после инициализации или клонирования даю:
git config --unset core.ignoreCase
По умолчанию Git различает регистр, но шаблон конфига для Windows выставляет
core.ignoreCase = true.
А вот старые коммиты останутся как есть. Если вам важен регистр, нужно взять
git-filter-repo и перебить репу. Примерно так:
git filter-repo --force --prune-empty always --prune-degenerate always --path-rename hello.cs:Hello.cs
Вместо одиночного или нескольких
--path-rename можно написать целую простыню переименований в отдельном файле. Поддерживаются регулярки. Читайте доку, короче.
Оно перебьет хеши измененных коммитов, то есть репу придется загружать на сервер/GitHub заново, но тут уже ничего не попишешь: или один раз исправить, или продолжать мучиться.