для добавления произвольного узла в дерева, следует пройтись по всем узлам для коррекции смещений узлов в файле и перезаписать.
Это в любом случае неизбежно. Единственно что можно сделать для сокращения дискового I/O - это, вместо записи множества кусков (через seek->write->seek->write), использовать встроенные в ОС механизм memory mapping (в Java он реализован через
MappedByteBuffer), тогда проблема оптимизации кеширования и сброса буферов на диск ложится полностью на ОС.
