Любой из представленных вузов даст фундаментально базовые и ВАЖНЫЕ знания по научным и естественно-техническим дисциплинами, основам и тонкостям, начиная от математике до программирования - все это вам будет нужно, если вы хотите стать хорошим программистом, даже на Java....
Не важно что в некоторых вузах учат еще на паскале или си, для вас главное научиться базе, основам, понять суть, углубиться в теорию, чтобы потом применить это все на практике. Теория алгоритмов, структуры программ, булева алгебра, основы математики и все подобные дела вплоть до шифрования....
Учите базу, учите учиться, учитесь искать информацию, учитесь идти вперед прогресса. Любой вуз, главное технический и главное профильно-естественно-научно-программистский....
Хоть МГУ, хоть ИТМО, хоть Бауманка, хоть МИФИ, даже если вы будете заниматься научными работами и практикой в университете - это неоценимая польза для вашей будущей карьеры.
Главное что хотелось бы отметить, того что дают в универе этого мало, особенно по современным технологиям. Там дают базу, умения, а вот современные технологии - это уже ваша способность интересоваться, будь то jQuery, Erlang, Scala, git, SVN, etc etc etc, любой программно-инженерный инструмент, любая IDE, любой язык программирования, модный, находящийся в тренде - это уже дело рук вашей личности, самостоятельно пожалуйста.... Что можно сказать - лет на 5 придется углубиться по самые уши в науку и знание. Не стремитесь бежать работать и подрабатывать даже джуниором, особенно на начальных курсах. Главное учиться, по крайней мере до курса 4-5, не отрывайте себя от учебы. Ну а потом уж можно совмещать и учебу и практику\работу....
Удачи, и доваздасться вам программистская наука!