Попробуйте четко сформулировать свою задачу. На то, что Вы написали нужно сделать следующие шаги.
Подключите jquery (jquery.com).
Сделайте шаблон для вывода меню.
После загрузки страницы добавьте элемент меню в header
$(document).ready(function(){
$('header').append(ваш_элемент_с_меню);
...
});
Смотрите
api.jquery.com/append