Попробуйте склеивать не утилитами, а руками. Конкретные команды зависят от ОС. Ну или можно попробовать Avidemux, если он сможет, то при склейке покажет сразу всё «кино» целиком.
Файлы эти стругает скорее всего штука, которая называется stream segmenter, живёт она на стороне сервера, рубит видео на кусочки и добавляет их в плейлист, который пересчитывает плеер. Делается обычно для того, чтобы можно было на ходу менять качество видео передавая куски с разным битрейтом.
