Можно вот так
import os
import time
print("Прошла 1 секунда")
time.sleep(1)
os.system("cls")
print("Прошли 2 секунда")
time.sleep(1)
os.system("cls")
print("Прошли 3 секунда")
time.sleep(1)
os.system("cls")
В коде будет очишаться консоль и выводится новая строка. Это был пример на Windows. Я показал лишь 1 из способов. Но стоит прислушаться у людям пооптынее!)