TheInsable

индексы на true/false не эффективны ни в каких базах, проще их перенести в отдельную коллекцию.
вполне возможно поиск идет не по индексу (а полный перебор), для индекса надо заполнить поле и искать по false.
Еще можете попробовать $exists: false

https://docs.mongodb.com/manual/reference/operator...