Занимает всегда от 14 секунд, таких документов 18.5КК. Индекс по этому полю создан, всего у документов в этой коллекции по 4 поля, индексы для каждого.
индексы на true/false не эффективны ни в каких базах, проще их перенести в отдельную коллекцию.
вполне возможно поиск идет не по индексу (а полный перебор), для индекса надо заполнить поле и искать по false.
Еще можете попробовать $exists: false