Ну тогда тем более не нужно голову ломать. Просто напишите все на js. Разберитесь какие данные и какая часть может запрашивать, чем и что может управлять..., а потом на clear php все будет легко и просто.
Если проблема в том, что есть проблемы с javascript — знайте, они будут и при использовании враппера.
Можно, генерируя JS — сервером, вы лишаете себя возможности разделить работу таким образом, чтобы и javascript программист мог что-то сделать; увеличиваете связанность кода, т.к. внутри php вам нужно будет хранить/искать ссылки на объекты javascript. Кроме того, используя враппер, вы рискуете навеки остаться в конкретной версии враппера, ExtJS. А также увеличиваете количество, передаваемой по сети, информации. генерируемый код — хуже написаного.
Ну hide/show — все таки костыль, лучше proxy. хотя бы клонировать store, вырезать отфильтрованные ноды, устанавливать новый store в treepanel. Там с их proxy, может быть проблемней реализовать.
