Подвох в том, что php сам по себе редко обрабатывает только *.php ссылки.
Чаще через mod_rewrite в какой-нибудь index.php заворачивают все ссылки сайт через mod_rewrite (то бишь, в htaccess). Например, у меня в блоге php обрабатывает ссылки /1, /2 и так далее.
А переносить htaccess в конфиг nginx - не очень простая задача для тех, кто конфиги nginx-а пишет по мануалам. Есть конвертеры, конечно, но они не всегда работают, да и генерируют фигню обычно.