Александр Таратин

Склейте весь css в один файл.

Используйте outline вместо border

htmlbook.ru/css/outline
htmlbook.ru/css/outline-offset

Скачиваем курсор по ajax.
Меняем цвет в курсоре, который представлен текстовыми данными.
Кодируем в base64.
Пришпиливаем к странице новый style тег

.wrapper {
    cursor: url('data:image/svg+xml;....'), default;
}

Из минусов:
Дублирование классов и очень много..

Используйте препроцессоры. Вынесите все цвета в переменные. Никакого дублирования не будет.

2) Вынести стили в разные файлы и подключать по отдельности, при клике на переключатель страница сайта обновится и подключиться файл css с другой темой.

Зачем обновлять страницу? Файл стилей можно подгружать и удалять динамически через js.

https://stackoverflow.com/questions/574944/how-to-...

Самый простой для вас способ, использовать автопрефиксер в ide.
Для саблайма https://github.com/sindresorhus/sublime-autoprefixer

htmlbook.ru/css/border-bottom
https://jsfiddle.net/QW01_01/sgdw2ac2/