Джок Таннер

• Не стоит использовать глобальные переменные в программах длиннее одного экрана. Вместо global лучше объявить глобальный объект и спрятать flag в него:
  

  class PortScanner:
      
      def __init__(self):
          self.flag = 0
          
      def animate_menu_up(self):
          print("\n")
          ...
          self.flag = 1

  
  
  
• Код инициализации программы тоже лучше перенести в __init__() глобального объекта. И основной цикл вынести в отдельный метод, например, run(). Тогда на нижнем уровне у нас останется что-то вроде:
  

  import ...
  
  class PortScanner:
      ...
  
  if __name__ == '__main__':
      main_obj = PortScanner()
      main_obj.run()

  
  этот идиоматичный код позволит импортировать класс PortScanner в другой скрипт, а также обеспечит плюсик на собеседовании/ревью,
  
• приучайтесь использовать докстринги вместо комментариев:
  

  def animate_menu_up():
      """ Создание красивого меню (вверх). """

  
  
• лишний цикл while True: в select_mode(),
  
• слишком много магии. По мере роста программы становится всё тяжелее держать и сопоставлять в голове всякие абстрактные значения. Вот литералы, которые, по моему мнению, стоило бы определить как константы − или в «шапке» скрипта, или как атрибуты класса:
  

  MF_INITIAL = 0
  MF_MENU_CENTER = 1
  MF_MENU_DOWN = 2
  MF_SELECT = 3
  
  SCREEN_WIDTH = 50
  ALL_PORTS = [22, 80, 7777, 2516]
  SOCK_TIMEOUT = 0.5
  ANIM_SYMBOL = '~'
  ANIM_DELAY = 0.02

  
  
• такие вещи очень больно стреляют в ногу и почти гарантированно проваливают собеседования:
  

  except RuntimeError:
      continue

  если вы действительно хотите продолжить выполнение программы после такой ошибки (что в обычных обстоятельствах бессмысленно и опасно), то позаботьтесь хотя бы о правильной индикации:
  

  import traceback
  ...
  except RuntimeError:
      traceback.print_exc(file=sys.stdout)
      continue

  
  
• раз уж мы задержались здесь, давайте сделаем диспетчер более идиоматичным:
  

  while True:
      try:
          {
              MF_MENU_CENTER: th_three.start,
              MF_MENU_DOWN: th_two.start,
              MF_SELECT: select_mode,
          }[flag]()
      except RuntimeError:
          traceback.print_exc(file=sys.stdout)
          continue

  Такой наивный подход выводит много шелухи на экран, но это не важно. Важно то, что такой код проще читать и дорабатывать, чем цепочку if...elif...else.
  
• 
  Работа со строками тоже напрашивается на улучшения:
  1. нет смысла разбивать строки на списки, к символам в строке можно обращаться так же, как к элементам списка − по индексу и с помощью срезов,
  2. не нужно копировать строки,
  3. не нужно печатать всю строку с начала, это делает анимацию неровной − конец строки печатается медленнее, чем начало. Достаточно допечатать один символ в строке.
  Например:

  def animate_menu_center():
      """ Создание анимации центрального меню. """
      # настройки для анимации
      output_strings = [
          '[1] scan all ports',
          '[2] scan enter port',
          '[3] exit',
          'SCANNER V1.0',
      ]
  
      # анимация названия
      for output_string in output_strings:
          print('\r\t\t', end='')
          for ch in output_string:
              print(ch, end='')
              time.sleep(ANIM_DELAY)
          # last string?
          if output_string != output_strings[-1]:
              # new line
              print()
  
      print('', flush=True)
      flag = MF_MENU_DOWN

  (Я убрал цвета для простоты.)
  
• юзабилити сильно страдает из-за отсутствия нормальной функции выхода из приложения,
  
• не оставляйте закомментированный код в файле, который отдаёте на ревью, это минус. Вместо этого напишите комментарий с пометкой “TODO”, например:
  

  # TODO: реализовать режим '2' (скан произвольного списка портов)

  Это однозначно плюс − показывает, что вы умеете работать в команде и пользоваться системами контроля версий.
  

call_func = input("Введите название функции чтобы её вызвать: ")
locals()[call_func]()