если я правильно помню:
1. на родительские папки оставляете только права на чтение и просмотр
2. на папки пользователей уже даете права на запись, но без возможности удаления и изменить права у папки
3. устанавливаете квоту для пользователя на том.
при этом квота считается только если владелец файлов это наш целевой пользователь.