Транзакции используются при выполнении связных запросов, вне зависимости от количества.

К примеру один человек переводит деньги другому это два запроса:
Снять у Васи 10 рублей.
Пополнить баланс Пети на 10 рублей.

Если произойдет ошибка при 2 запросе и при этом не будет использована транзакция, то у Васи деньги пропадут, а у Пети не появятся.

При использовании транзакции все изменения откатываются.

Открою вам секрет, ActiveRecord использует ActiveQuery, более полную информацию вы можете получить изучив документацию и гайд (за 3 года можно было и ознакомиться) =)

Методы не наследуются, все методы родителя доступны классу который его наследует.

В вашем случае я бы просто расширил функционал класса Book, так как работа связана с ним.

Если у вас был бы класс "Печатная продукция", то большая часть методов была там, а классы Book, Newspaper и т.д.
наследовались от него. В этих класса была бы реализация только того что относится к ним, к примеру у книги есть автор, а у газеты нет... как то так

Никто в базу лазить не должен, разве только для создания таблиц и столбцов, да и то это должно быть через миграции.

Вам повезло что у "автора" пустая строка, а не критическая ошибка отсутствия переменной.

В целом у вас слишком много вопросов, на большую часть нельзя дать однозначного ответа