Не мешало бы уточнить какой язык используете, ну да ладно.
В целом, лучше генерировать запрос с параметрами, а затем их подставлять.
Если число параметров неизвестно, то вы можете добавить их в цикле. Получится примерно следующее (результат будет зависеть от вашего языка).
var query = "UPDATE products SET deleted = true WHERE id IN(${p1}";
for(var i = 2; i <= products.length; i++)
{
query += ", ${p" + i + "}";
}
query += ");";
return db.query(query, products);
Для вашего примера запрос должен получиться таким:
UPDATE products SET deleted = true WHERE id IN(${p1}, ${p2}, ${p3});