Ввести цифры с клавиатуры телефона и дождаться подтверждения (голос скажет, что всё правильно).
На самом деле, всё не так просто — у меня получилось раза с пятого, до этого автоответчик говорил, что ввожу неправильный код. Видимо, там что-то не совсем гладко с их системой.

Из моего опыта — самое лучшее — найти хорошего дизайнера, проработать с ним годик-другой плотно и тесно (даже без ТЗ, но постоянно обсуждая идеи и видение). После этого необходимость в ТЗ отпадает как в таковом, и, если вы хорошо сойдетесь, «контакт» будет достаточно тесным ещё на этапе идей.
Хорошая команда многого стоит.

Если swap используется, это убивает производительность к чертям всегда.

Если есть подозрения на «что-то еще», то можно попробовать разделить пулы процессов обработчиков скриптов для каждого из сайтов (по пулу на сайт или пачками, методом половинного деления, например. В зависимости от того, как быстро вам нужно найти виновника и как много ресурсов у вас есть) и с помощью того же iotop мониторить нагрузку.

Конечно, вам не будет сильно интересно постоянно смотреть в iotop, поэтому можно впилить его в Cacti или Zabbix (мы Cacti используем, довольны). Через день на графике увидите виновника.

Как разделять пулы — очень зависит от того, какой у вас язык программирования и как скрипт запущен. Например, в связке nginx+php5-fpm достаточно разделить пулы fpm, и настроить upstream'ы nginx для каждого из сайтов соответственно.

Еще Spring Python, они крутые.