но setInterval обновляет другой код (может быть).не понимаю что это значит.
$(document).ready(function(){wtf?
Может есть какой-то способ без ajaxa ну или хотя-бы как то по быстрей вытягивать текущею метку UNIX ?можете прямо на странице вывести const serverTime = 12345678, затем сравнить с системным, и учитывать разницу в таймере.
new Date()
берет показания именно с системных часов, а не телепатически из космоса.