Вангую - щас понабегут люди с советами типа "юзай mongodb"...
Вообще можно использовать EAV. Это когда атрибуты сущности хранятся не горизонтально (столбцы в таблице), а вертикально (один атрибут - одна строка). Дополнительно нужны таблицы, которые будут хранить список типов сущностей, список типов атрибутов и связи типов сущностей и типов атрибутов.
Но предупреждаю - есть ощутимое проседание по быстродействию, да и работать с этим может быть не так удобно.
В случае, когда необходимо соорудить хранилище для однотипных сущностей с опциональными атрибутами, например каталог товаров, где всё есть товар, но у холодильника есть мощность, а у смартфона - количество мегапикселей это в самый раз.
Так вот, в таком случае быстродействие по фильтрации достигается через создание отдельного индекса, может даже с использованием отдельного ПО, такого как Sphinx.