Учился на схожей специальности. У нас было так: на бакалавра можно сделать совершенно что угодно (натянуть верстку на движок, как у вас с интернет-магазинами). А у некоторых были и вообще сайты из пяти html-страниц :)
Я, например, делал на php+mysql нечто пассворд-менеджера. Тоже мало кто понял, что я делал и зачем, но «отлично» мне поставили без вопросов.
Так что, я думаю, просто выбирайте то, что нравится. Если хочется писать цмс, пишите, — это хороший опыт.
