Екатерина

Предполагаю, что речь идёт о чём-то вроде VirtualBox или VmWare Player.
А что, если наворотить что-то подобное с помощью Shared Folders?

1. Создать отдельного пользователя VM, под которым будут запускаться ВМ'ки
2. Создать отдельную папку, и запретить к ней любой доступ всем пользователям, включая системных, кроме пользователя VM.
3. В настройках ВМ добавить эту папку как Shared Folder.
4. Запускать ВМ только из-под пользователя VM.

Не оно ли?

Можно ли настроить доступ к дискам только из виртуальной системы и запретить из основной?

К диску как физическому устройству - нельзя
С физическим оборудованием работает хостовая система.
К диску, как к блочному накопителю - можно.
Для этого нужно просто пробросить диск в виртуальную машину.
После этого хостовая машина не сможет использовать этот диск.

При этом, чтобы по мере надобности можно было разрешать основной системе доступ к необходимым в текущий момент файлам жёстких дисков ( только для чтения).

Если вы пробросите диск в виртуальную машину, хостовая машина не сможет с ним работать, и уж никак не сможет прочитать файловую систему этого диска. Поэтому это невозможно.

С диском нельзя работать одновременно с двух операционных систем.

Например, USB-SATA переходник, проброшенный в виртуалку. После проброса USB, диск становится недоступен для основной системы. Насчет доступа "только для чтения", существуют USB-SATA с переключателем "Read Only"

на С++ в компиляторе QT

1. В компиляторе не пишут
2. Qt - это не компилятор

За вас ваш вопрос никто не решит.
Если хотите написать программу самостоятельно, то изучайте С++, Qt, базы данных. Это конечно не хай-лвл программа, но новичку написать реально, если должно подойти к этому делу.
Если же вы хотите чтобы за вас все написали, и написали именно так как вы хотите, то придется платить :)

По времени оптимален второй вариант, по цене - первый.
Конечно времени вы гораздо больше потратите на написание данной программы, чем опытный программист, но зато получите опыт.