Spetros

Да, никак. Телефон никаких гарантий по уникальности не дает и может разрядиться в самый неподходящий момент, в отличие от карты.
У всех разные телефоны, у кого-то айфон, а кого-то кнопочная звонилка.

В вашем случае возможно только если пароль пользователя будет совпадать с идентификатором карты.

у телефона каждый раз разное

Так и должно быть.

20 метров для RFID технологий это очень много.
На обычных(пассивных) метках такое не сделать.

От карточки зависит.
В подавляющем большинстве случаев - нельзя.

Нужно посмотреть спецификацию считывателя и сопоставить характеристики подходящих карт. А дальше искать в интернете.
Либо поискать ПО для определения типа карты, иногда его можно найти у производителя считывателя.

Если метка относится к стандарту совместимому NFС, то копию на планшете попробовать сделать можно(там тоже ограничения есть).
Если нет, то копию при помощи планшета не сделать.
Проверить стандарт метки просто - нужно попробовать считать планшетом, если не считалась, то значит несовместима.

При таких исходных данных сделать копию нельзя.
Если смарт не никак не определяет карту - значит она работает на совсем другой частоте(чем NFC) и, возможно, это карта относится к семейству EM-Marine.

Вопрос слишком общий.

1. В чем разница между стандартами и частотами?

Для этого нужно открыть стандарты и сравнить.
Стандарты и частоты - это разные понятия.

2. Насколько круто защищены карты?

От карты зависит.

Почему нельзя копировать карту метро и ездить по чужой, ведь по сути к карточке привязан номер и все

По сути к проездной карточке не только номер привязан.

3. Насколько надежно использовать СКУД на RFID картах?

Зависит от задачи.

Если я на вторую дверь домой повешу замок и буду открывать ее по карте, смогут ли скопировать метку?

Вешайте. Конечно.

4. Что-то в статьях промелькнуло про шифрование DES, 3DES и RSA, но не совсем ясно, что и где там шифруется

На некоторые карты можно записывать информацию, а карты умеют шифровать ее.

Очевидно, в гугле.
Если же тот пример, который у вас есть - не работает, то нужно с ним разбираться.

Это не протоколы и сравнивать их нельзя.
NFC - это частный случай развития RFID-технологий использующих частоту 13.56МГц.

Дальность у них примерно одинаковая.
Для диапазона 13,56 МГц гораздо больше разных меток выпускается, они, как правило, более продвинутые, чем на 125 кГц.

Такая система называется СКУД (система контроля и управления доступом). Заказать ее можно в любой фирме, которая занимается их продажей и установкой.

Виды NFC стандартны, поэтому подойдет любой считыватель или телефон/планшет с NFC модулем. Работа больше от ПО зависит.

С той штукой вы ничего такого сделать не сможете. Ридер по вашей ссылке эмулирует устройство ввода(клавиатуру), API у него нет - он выдает код карты при считывании, соответственно, с ним можно работать только как с клавиатурой - т.е. ожидать ввода данных стандартными средствами.

1. Нужно специальное мобильное приложение, сертифицированное Visa.
2. Нет.