У таких проектов есть проблема, для неё даже термин какой-то существует, - короче: нет покупателей, - не интересно магазинам, нет магазинов - не интересно покупателям. Загибаются такие стартапы из-за этой проблемы.
Если магазины потом не будут слать тысячи сообщений вида "А у нас есть еще и это!" - вполне полезная штука для покупателя. А вот для магазина - не уверен.
LTV считаем для тех, кто платит деньги - значит для магазинов.
Если у вас подписка месячная, то фактом оттока магазина считаем не продление подписки в течении месяца.
Далее берем кол-во отвалившихся магазинов и делим на всю клиентскую базу. Получаем churn - отток.
Потом LTV считаем по форумел = ARPU (срежний доход с магазина в месяц) * 1/churn.