LTV считаем для тех, кто платит деньги - значит для магазинов.
Если у вас подписка месячная, то фактом оттока магазина считаем не продление подписки в течении месяца.
Далее берем кол-во отвалившихся магазинов и делим на всю клиентскую базу. Получаем churn - отток.
Потом LTV считаем по форумел = ARPU (срежний доход с магазина в месяц) * 1/churn.