Пишите в конец файла какой-нибудь параметр:
<script src="main.js?v1"></script>
<script src="main.js?v2"></script>
<script src="main.js?v3"></script>
за счет этого браузер будет загружать файл заново.
Чистить свой кеш не вариант, поскольку ваши пользователя не обязаны это делать.