Сам себе отвечу. Ошибка при регистрации получалась потому, что я не расшифровывал полученный в strtssl ключ. Нужно было воспользоваться визардом в их тулбоксе или самому в командной строке дешифровать ключ, и только тогда его регистрировать в cpanel хостера.
Вторая часть вопроса: бесплатно поменять бесплатный сертификат не удалось ;(
