Smithson

Не mysql --skip-table-granted, а mysqld --skip-table-granted
Читайте интрукции внимательно.
Идея в том, что вы запускаете mysql без использования системы авторизации.
Обычно mysqld лежит в /usr/local/libexec

Вопрос про нормализацию - вы пытаетесь байты экономить или хотите сделать всё по фен-шую?
Учтите, что с полностью нормализированными базами трудно работать человеку, обычно логика так не поворачивается, как там надо.
Так что отталкивайтесь от разумной оптимизации, когда ни у программиста, ни у DBA, ни у пользователя при работе с такой базой не идет кровь из глаз.

Ваш вариант, кстати, вполне нормален, повесить триггеры, чтобы отслеживать события удаления заводов, цехов, переезда цехов из завода в завод и перевода работников - и всё будет вполне терпимо.

show variables like 'query_cache%';
За размер кеша отвечает query_cache_size.
set @@global.query_cache_size=64*1024*1024;
отдает под кеш всего 64 Мб.
Кеш должен быть меньше доступного ОЗУ и вообще не больше свободной памяти (то есть той памяти, которую ОС отдаст без напряга).
Поиграйте этими значениями, посмотрите.
Но если у вас результат запроса больше ОЗУ - то кеш вам не поможет ;)

ОЗУ, ОЗУ и еще раз ОЗУ.
Как более дешевый паллиатив, можно попробовать перевести базу на более быстрые диски (NAS или SSD).
Но если DB можно закешить в память, то проблем со скоростью чтения у вас не будет :)
На том стоит, например, SAP HANA - пока база помещается в ОЗУ, даже САП работает терпимо. Как база в ОЗУ помещаться перестаёт - ну САП, он и есть САП :)

данные из таблицы в обратном порядке по какому полю?
Вот по этому полю sort by desc и делайте.

Индекс по полю updated_at у вас создан?

Можно не исключить, а, наоборот, перечислить, какие базы выгружать.

mysqldump --databases database1 [database2 ...] > my_databases.sql

mysql_error = 2002

Это

#2002 - Сервер не отвечает (либо сокет локального MySQL-сервера некорректно настроен)

Смотрите файл /etc/my.cfg что там в строчке socket.
Попробуйте перезапустить mysqld на сервере.

Чем сложнее индекс, тем сильнее он замедляет операции вставки и удаления.
Точно в цифрах вам никто не ответит, где-то база на 100М записей с одним индексом на ура еще 1М записей вставить, где-то и 1М записей на 40 минут повиснут на массовой вставке. Зависит от структуры таблиц, индексов и производительности железа.

Формул нет.

Вставка в таблицы mysql некоторых символов (например, " или ') бывает непроста :)
Так что может и скрип косячить, может и вставка обрываться. Без кода не скажешь.

Вам нужна команда GROUP BY.

Если в sql-запросе порядок сортировки явно не указан, то порядок возвращения значений не определен.
Что у вас там в базе следуют в определенном порядке - рояля не играет. Сервер вернёт так, как ему в этот момент удобнее.

Начиная с MySQL 3.23.40 ошибка Aborted connection выдается только в случае, если mysqld запущен с --warnings.

Такие ошибки сигнализируют об одной из следующих ситуаций:

• Клиентская программа не выполнила mysql_close() перед выходом.
  
• Клиент бездействовал на протяжении более чем wait_timeout или interactive_timeout (see section 4.5.6.4 SHOW VARIABLES).
  
• Клиентская программа внезапно завершилась посреди передачи.

www.mysql.ru/docs/man/Communication_errors.html

Боюсь, что средствами mysql - никак. Надо писать обвязку на каком-либо языке программирования, парсить строку по словам и по ним выполнять поиск по всем столбцам.
Насчет опечаток почитайте про Soundex и про нечеткое сравнение строк. Дело это не на пять минут.
И делать это надо было на этапе заполнения базы. Сейчас придётся переделывать.