1) стоит инициализировать Arg: Arg* arg = new Arg;
Не забудьте удалить его в конце использования ( как понимаю в threadFunction).
2) Используйте std::function<void()> вместо c-style функции, чтобы избежать лишних проблем с удалением лямбды.

При использовании LLVM, как и при использовании других компиляторов, при связывании различных языков определённые проблемы. Первое о чём нужно помнить, каждый ЯП имеет свои типы данных и хранит их по-своему. Например в Python, String - это немного более сложная структура, чем указатель на строку. Другие языки ничего не знают об этой структуре и поэтому приходится писать связки языков. Также нужно соблюдать ABI вызовов. Думаю, вам следует смотреть в сторону Swig и Boost python. Связав оба языка программирования вы легко можете создать 1 исполняемый файл при помощи любого компилятора.