При использовании LLVM, как и при использовании других компиляторов, при связывании различных языков определённые проблемы. Первое о чём нужно помнить, каждый ЯП имеет свои типы данных и хранит их по-своему. Например в Python, String - это немного более сложная структура, чем указатель на строку. Другие языки ничего не знают об этой структуре и поэтому приходится писать связки языков. Также нужно соблюдать ABI вызовов. Думаю, вам следует смотреть в сторону Swig и Boost python. Связав оба языка программирования вы легко можете создать 1 исполняемый файл при помощи любого компилятора.