Михаил

Есть три варианта, как это сделать:
1. Создать данные нового виртхоста в нейтральном месте (SQL, MQ, key-val storage или временный файл).
По крону или через судо-скрипт запустить импорт этих данных в файл + последующее удаление, если импорт был успешен.

2. При установке панели сделать postinstall скрипт, который создает директорию, принадлежающую www-data в /etc/nginx/virtualhosts/ - тогда рут не понадобится.

3. Не держать виртхоты в этом месте вообще. А держать их в SQL или LDAP.
Последнее вообще является, пожалуй, самым элегантным путем, потому что позволит дальше перейти на Zero-configuration подход (будет у вас масштабирование красивое, по уму).

Это Linux. Если файла нет - его просто надо создать и вписать в него, что требуется.
Сделайте для начала так:
echo 'syntax on' > ~/.vimrc

Но проблема в том, что этот файл только у вас в домашней директории и другие пользователи этими настройками пользоваться не смогут. Поэтому лучше правьте общедоступные конфиги вроде /etc/vimrc, /etc/vim/vimrc

Загрузите систему с DVD (knoppix, ubuntu, backtrack имеют такую возможность из коробки), смонтируйте / раздел в /mnt, сделайте туда chroot и чините grub/lilo.