1. Проверить SMART жестких дисков.
2. Подключить мониторинг и проверить на предмет непонятных всплесков IO\CPU\RAM.
3. Проверить загрузку канала на предмет тех-же непонятных всплесков трафика.
3. Если у вас нет поддержки сервера со стороны ОС - обновления, файрвол и.т.п. (а логично предположить, что если бы она была бы - здесь вопросы бы не задавались) - значит вероятно, сервер взломан и используется кем-то, что и вызывает нагрузки. Либо просто DDOS прилетает откуда-то.