Для решения подобных проблем есть netmask ordering, split dns, а также разделение зон и conditional forwarders и stub zones.
Так как в вопросе отсутствует конкретика - разные ли зоны или одинаковые, DNS во второй сети это DC с AD-integrated DNS zones или просто DNS сервер, сказать что-то определенное сложно.
P.S. Для AD integrated DNS есть возможность создания application directory partition для менеджмента скопами репликации DNS зон между разными контроллерами домена.
