вижу два варианта: миграции и ручная синхронизация, по миграциям можно использовать phing в нем есть функционал миграции, для его работы нужен только php. Для ручной синхронизации я использую dbForgeStudio, этот инструмент отлично подходит для сравнения двух баз и возможности синхронизации как структуры так и данных.
