Здравствуйте.
Возможно, так получится. Нужно добавить в functions.php.
<?php
add_filter('navigation_markup_template', 'my_navigation_markup_template');
function my_navigation_markup_template() {
return '
<nav class="navigation %1$s" role="navigation">
<div class="nav-links">%3$s</div>
</nav>';
}