Алексей Сергеев

Секретные настройки, ключи и пароли нужно писать в переменные окружения.

https://vk.com/dev/status

Cron + GET запрос же.

Я бы посоветовал для начала прочитать вот эту книгу. Она шикарна.

Самое первое, что пришло в голову, это добавить в базе данных, в таблицу профиля пользователей булево значение isAdmin (True/False)

И пишете необходимый функционал в папке admin, но на форме входа проверяете является ли пользователь админом, также соединяетесь с бд и потихоньку занимаетесь нудятиной (CRUD).

Для такой задачи лучший вариант - Python (IMHO).
Он во первых идеально подходит для системных скриптов,
во вторых это всё можно легко увязать с веб-мордой, используя Django или тот же Flask.

Если системный администратор выложит описание всей(или даже части) it-инфраструктуры предприятия на сторонний веб-сервис, то его нужно уволить за некомпетентность.

Проще и лучше - написать своё, на любом современном языке программирования для веба, с использованием фреймворка. Например:
1) Python-Django, Flask
2) Ruby - RoR
3) php - Yii2, Laravel.

Лично мне больше по душе Джанго.
А cms, имхо, кроме 100 долларовых свйтов-визиток, лучше вообще не использовать.