Денис

загрузитесь с LiveCD и проверьте другими антивирусами
очистите кеш

хочу присоединиться к предыдущему каменту касательно скриптовых языков, запускаемых на JVM (Jython, Scala, Groovy), многие крупные компании переходят на scala, думаю это не спроста, мощная база и светлые умы лежат в основе. Также не стоит забывать про Flex, он не стоит на месте, под него уже есть много фреймворков, да и разрабатывать на нем очень приятно. У него есть много интересных фишек, которых пока, к моему огромному сожалению, нет у Java, к примеру, состояния (state)

Под Линуксом используются разные файловые системы и у них разные ограничения.
Наиболее распространены ext3 и ext4, но не так редко бывает RaserFS, XFS и пр.
Например, в ext3 выделяется 655360 inodes на раздел и когда они кончаются, записать ничего нельзя.

Если ответить коротко — зависит от ограничений файловой системы.

Это, пожалуй, индивидуальная мера для выбранной системы, на каком количестве файлов начнутся тормоза.
На практике, чем больше файлов в папке — тем медленнее листинг. Индивидуальный доступ к одному файлу из 30 тыс. может не отличаться по скорости(если в директорию никогда не заходить через терминал), но листинг может занять несколько минут и загрузить процессор.

Лично я распределяю по удобству копирования и архивации, примерно по несколько сотен файлов(до тысячи) в одной папке.