Добрый день.
Во первых нужно определится с проблемой - у вас проблема с сетью, или с сервером? Если возникают проблемы с доступом ТОЛЬКО до конкретного сервера - проблема НЕ с сетью. Я правильно понял - ВСЕ компоненты программы установлены локально на 1-ом сервере, не имеют никаких клиентов, и используются только в РДП сессиях? Если да - то, это снова указывает на то, что проблема исключительно локальная, и НИКАК не связана с сетью. Смотрите логи, изучайте, что происходит на сервере. Хороший стимул освоить использование Perfomace Monitor'а.